孙承宗之后，被任命为蓟辽督师的还有王之臣和袁崇焕。此外，如熊廷弼、王在晋、高第这几位，担任的都是蓟辽经略。
蓟辽经略和蓟辽督师名义上都是辖蓟、辽、登、津（实际上蓟镇是属于蓟辽总督管辖），都挂兵部尚书虚职，而且基本都授予了尚方宝剑（仅除王在晋），主要负责的都是对后金作战，因此权责上并无本质区别。
督抚不和，指的就是蓟辽督师（或蓟辽经略）和辽东巡抚意见不统一。
蓟辽督师（或蓟辽经略）对辽东巡抚是有直接管辖权的。但是在实际中，由于辽东巡抚是辽东镇的直接负责人，蓟辽督师（或蓟辽经略）的很多命令是需要辽东巡抚来具体布置实施，而且辽东巡抚作为方面大员同样具有直接疏奏朝廷的权力。
因此，辽东巡抚或者可以在执行之前先对蓟辽督师（或蓟辽经略）的命令提出质疑，或者直接获得朝廷的支持来反对蓟辽督师（或蓟辽经略）的命令，由此，导致辽东巡抚具有一定的和蓟辽督师（或蓟辽经略）相抗衡的本钱。
辽东防务就象一个媳妇，却有了蓟辽督师（或蓟辽经略）和辽东巡抚两个婆婆，自然问题多多。事实上，从熊廷弼开始，历任督抚谁都逃不出这个怪圈。
第一个闹出经抚不和的是熊廷弼。天启元年辽沈大败，熊廷弼走马上任蓟辽经略，结果碰上广宁巡抚（后改为辽东巡抚）的王化贞。
王化贞这个广宁巡抚和之后的辽东巡抚实际上是一样的职权。王化贞此人其实也算得上一位有胆略的人才。明朝在辽沈大败后人心慌乱，王化贞时任宁前道，挺身而出，召集散亡，激励士民，联络西部蒙古，并请诏谕朝鲜，褒以忠义，勉之同仇。
也就是因为这个缘故，王化贞被朝廷赏识，任为广宁巡抚，使其主理明金第一线防务。此外，王化贞还是当时首辅叶向高的学生，再加上确实有功，因此就有了和顶头上司蓟辽经略熊廷弼相抗衡的本钱。
熊廷弼是主守的，计划用三道防线近三十万大军来挡住后金的攻势；王化贞却主攻，提出仅凭六万军队就能光复辽东。
第一次经抚不和的结果是巡抚王化贞占了上风，广宁前线基本上都被王化贞一手控制。很快，后金的兵锋就让明朝人尝到了这种自相顷轧的苦果。天启二年正月，努尔哈赤发起广宁大战，措手不及的王化贞大败，关外的十二万明军土崩瓦解，而熊廷弼原本设计的山海关和津登两道防线却根本没有对前线有任何支援。
原因其一是王化贞败的太快，其二是经抚不和导致关外关内的各自为政。面对王化贞的溃退，执着于经抚不和的熊廷弼犯下了生平唯一的错误——也是使其致死的大错。
“（王化贞）与廷弼遇大凌河。化贞哭，廷弼微笑曰：‘六万众一举荡平，竟何如？’化贞惭，议守宁远及前屯。廷弼曰：‘嘻，已晚，惟护溃民入关可耳。’乃以己所将五千人授化贞为殿，尽焚积聚。二十六日，偕初命护溃民入关。”
轻弃广宁，乃至轻弃关外全部土地，正是熊廷弼的致死之由，他对于败局没有一点积极作用，反而因为幸灾乐祸而忽视大局，其罪也该死。
广宁大败后，熊王二人免职问罪，接替熊廷弼的是王在晋，巡抚一职却暂时空缺，后由阎鸣泰接任。
王在晋任蓟辽经略时没有巡抚，原本应该是没有经抚不和这个问题了。但是却有一位胆大包天的下级官员接替了巡抚顶撞经略的传统。此人就是时任宁前道兵备佥事的袁崇焕。
王在晋和袁崇焕的矛盾在于明军的防线要布置在哪里——王在晋坚持退守山海关，袁崇焕则要求恢复国土到宁远。两个人谁也说服不了谁，袁崇焕就直接把问题上告到了首辅叶向高这里。
但是，远在京城的叶向高不知道前线的情况，所以拿不定主意。此时，大学士孙承宗就走上了辽事的前台，“请身往决之”。孙承宗到了辽东前线，考察了实际地理，听取了各方意见，最终驳斥了王在晋退守山海关的方案，采纳了袁崇焕守御宁远的提议。
“承宗面奏在晋不足任，乃改南京兵部尚书……在晋既去，承宗自请督师。”
孙承宗上任蓟辽督师后，督抚不和的传统继续上演。孙承宗首先推荐任命的巡抚就是阎鸣泰。结果阎鸣泰无能，又以张凤翼接任。
没想到，张凤翼继任巡抚后，比阎鸣泰还不如。在孙承宗讨论守辽方案时，阎鸣泰的提议是前出觉华岛。可以说，在孙承宗最终决定的辽东防线中，也包容了阎鸣泰的建议。但是，张凤翼却回到了王在晋的老路，“凤翼怯，复主守关议。”
从努尔哈赤“七大恨”祭天誓师以来，明军屡战屡败，官员将领其实已经普遍有了“恐金症”。张凤翼此议既出，立时得到众多官员将领的赞同，却引得孙承宗的不悦。
宁远修筑完成后，孙承宗上奏朝廷要辽东巡抚移驻宁远，张凤翼却认为这是孙承宗要置自己死地，便与其乡人云翼、有孚等力毁世龙，以图撼动孙承宗。
“世龙”就是孙承宗任命的山海总兵马世龙，张凤翼进行这番小动作的结果是孙承宗发现之后立即让他滚蛋，以喻安性替为辽抚。
喻安性与马世龙是有不和的，但是终究和孙承宗没有什么大的矛盾。孙承宗第一次督辽时期的督抚不和，以孙承宗两换巡抚的全面胜利告终。
天启五年九月，马世龙轻信线报，遭致柳河大败，连累孙承宗和喻安性接连被罢免。
高第接任蓟辽经略，辽东巡抚一职又再次空缺。宁前道兵备佥事袁崇焕再次越级继承了经抚不和的惯例，和新任上司高第顶上了牛。
由于柳河大败，高第一上任就要求放弃关外所有土地，遭到了袁崇焕的拒绝。作为宁前道兵备佥事，袁崇焕管不到锦州一线的事情，因此就坚守在宁远拒不撤退，“我宁前道也，官此当死此，我必不去”。
次年正月，努尔哈赤大举侵明，攻宁远不下，明军获得正面战场第一次防守胜利，袁崇焕声名大振。战后，高第因罪被免职，王之臣接任蓟辽督师，袁崇焕则升任辽东巡抚。