1897年初，任超胁迫光绪帝下旨裁撤军机处等机构，公布订内阁官制，组成新内阁，任命李鸿章为内阁总理大臣，任超，张朝仪等为协理大臣。但是李鸿章借故托病，拒绝回北京就职，暂由任超署理总理大臣一职。

新成立的内阁宣布废除原六部，新成立外务、民政、度支、学务、陆军、海军、司法、农工商、邮传和理藩院十部。任超兼任陆军部尚书一职，海军部尚书由丁汝昌出任。北洋水师和蛟龙舰队整编为蛟龙舰队，由于鲲出任司令官一职。其余各部尚书，侍郎等要职，虽然大多都由清朝旧臣出任，但是这些人也都是任超挑选出来的一些据有维新意识的还算开明的一些大臣，另外为了加大对新政府的掌控力度，任超还提拨起一大批系统人才，安插到各部之内担任要职。同时康，梁等维新派领袖人物，也都得到了任超的重用，被安排到各部之中担任要职。在慈禧发动政变的时候，康，梁等人早就得到了消息，一发现不对，立刻逃离的京师，谭嗣同等人之前倒是被慈禧派人给抓了起来，本来打算立刻问斩的，但是随后任超攻破了北京城，这些后世所谓的戊戌六君子也就没能英勇就义，被虎贲军解救了出来，这些人也都在新成立的各部之中担任了要职。

这个时候国内的局势仍然不是太稳定，李鸿章等各地督抚暗中结成联盟，虽然没有公开反叛。但是对于新成立的政府，也大多采取置之不理的态度。任超的政令也只能传达到山东，直隶。以及刚刚占领的辽东等地。至于其他各地，基本上算是处于半独立状态。不过任超现在也没有心情顾及这些不怎么听话的各地诸侯们，所谓枪打出头鸟，按照任超的计划当然还是先将东北这些叛军消灭了，然后再回过头来对付他们的要好。

于是新内阁成立之后不久。在奉天已经准备就绪的几万虎贲军随即发兵北上进军吉林。在吉林，从奉天逃出去的依克唐阿，以及吉林将军郭布罗长顺等人，纠集叛军近十万人，企图将突入吉林的虎贲军一举全歼。但是这些叛军又怎么能够抵挡的住如狼似虎的虎贲军的进攻，一番激战之后。虎贲军大败叛军于吉林。十万叛军被彻底击溃，依克唐阿，长顺等人仅率少量叛军逃入黑龙江境内。虎贲军成功收复吉林，并很快占领了吉林的各主要城市。

但是就在虎贲军一路高歌猛进的时候，将叛军打的落花流水的时候。沙俄老毛子终于做不住了。沙俄政府秘密和黑龙江将军恩泽，吉林将军长顺，盛京将军依克唐阿在齐齐哈尔签订条约。恩泽，长顺，依克唐阿代表清政府，将黑龙江大部及吉林部分领土割让给沙俄，将旅顺港永久租借给沙俄。作为回报，沙俄政府发面答应出兵东北。帮助清政府平叛，当然了在他们的口中，所谓的叛军自然是任超的虎贲军。

任超在接到消息之后。气的暴跳如雷，立刻通知外务部，对沙俄政府提出强烈的抗议，指责沙俄政府蛮横干涉华夏内政，同时指出恩泽等人为大清叛将，其无权代表政府与外国签订任何条约。所签订之所谓《齐齐哈尔条约》，清政府绝不承认。

同时任超命令东北的虎贲军。尽快出兵收复黑龙江，将叛军一举歼灭。以绝后患。